配置Apache来处理CGI请求，包括告诉Apache将CGI程序放在什么地方、为特定的文件扩展名设定CGI句柄、以及说明将哪些文件扩展名视为CGI程序。建议将CGI程序存储于一个目录下，以便对其进行更好的控制。最好将CGI程序目录放在你的DocumentRoot目录外面。这样就不可能对CGI程序直接访问，也就保证了你的站点具有更好的安全性。

一般情况下，CGI脚本文件都放入homedcgibin目录中，需要使用CGI程序的html文档通过“cgibin”来指定要调用的CGI程序。但如果要使脚本文件与相关的html文档在一起，则可以用ｓｃｒｉｐｔAlias指令来指定新的脚本目录。

例如，html文件在目录myhomedhtml中，CGI脚本在myhomedcgibin中，使用命令：

ｓｃｒｉｐｔAliasmycgimyhomehttdcgibin

可以在任何html文件中，当需要使用myhomedcgibin中的程序时，如abc.pl，就可以使用“mycgiabc.pl”来调用。

在由ｓｃｒｉｐｔAlias

指定的目录中，Apache认为所有的文件都是用于执行，而不做一般文件处理。在这样的目录中，文件的名字不必具有如“.php”、“.pl”等可执行文件的后缀。但如果想要在ｓｃｒｉｐｔAlias指定的目录之外执行这些程序，必须在Apache的配置文件中对执行程序的文件名后缀使用AddHandler进行说明，例如：

AddHandlercgiｓｃｒｉｐｔ.php.pl

这样，Apache将把以“.php”、“.pl”为后缀的文件当作CGI脚本来运行。

为了使某个目录中以“.cgi”为后缀的文件能够执行，在Apache的配置文件中的相应目录下(由定义)的Options中要包?**cCGI选项。

有些时候，不希望目录中的所有“.cgi”文件都能被执行。例如，只让abc.cgi能执行，则可以使用模块mod_rewrite提供的功能，即在包含该文件的目录中，如htdocsmydir加入“.htaccess”文件，文件内容如下：

RewriteEngineon

RewriteBasemydir

RewriteRule^abc.cgi\.cgi$[Tapplicationxdcgi]

即把abc.cgi文件重写成具有CGIMIME类型的文件，从而能被服务器执行。

注意要在Apache的配置文件中将该目录的AllowOverride包含FileInfo，以便使在“.htaccess”文件中mod_rewrite模块的指令能够有效。